采收：柴胡最佳采收期，秋季植株下部叶片开始枯萎收获，栽培2年，时间为9月下旬至10月上旬。每年在“霜降”前用镰刀收割，先割去地上茎叶，再挖出根，洗净泥土，切除残茎，将整块根或切成段后晒干或烘干即成商品。采挖根部时注意勿伤根部和折断主根。

加工：边收获边加工，不要堆积时间过长，以防霉烂。采挖的根用水冲洗干净进行晒干即可。当晒到7-8成干时，须根去净，根条顺直，捆成小把再继续晒干为止。

储藏养护：柴胡易虫蛀，受潮生霉，有螨虫寄居。受潮品软润，有的表面现霉斑。蛀蚀品表面现蛀粉，敲打时有活虫落下。高温高湿季节，可见螨虫活动。

储藏期间，应保持环境整洁、干燥，定期护树大将军消毒。发现吸潮及轻度霉变、虫蛀，及时晾晒；严重时，采用熏杀法。也可进行密封抽氧充氮养护。